Pada tahun 1999 Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Jakarta bertransformasi menjadi Universitas Negeri Jakarta (UNJ) berdasarkan Keppres 093/1999 sehingga memungkinkan UNJ mengembangkan ilmu kependidikan dan non kependidikan.
Seiring berjalannya waktu, pada tahun 2004 program studi psikologi pendidikan dibentuk berdasarkan SK Dikti: 269/DIKTI/KEP/2000 di bawah Fakultas Ilmu Pendidikan. Ketika itu program studi ini menghasilkan lulusan dengan gelar S.Pd. (Sarjana Pendidikan).
Kemudian pada tahun 2008 program studi psikologi pendidikan bertransformasi menjadi program studi psikologi yang menghasilkan lulusan dengan gelar S.Psi. (Sarjana Psikologi) berdasarkan SK Dikti: 4289/D/T/2008.
Program studi psikologi yang sebelumnya berada di bawah Fakultas Ilmu Pendidikan kemudian berubah berada di bawah Fakultas Pendidikan Psikologi. Pada awal tahun 2016 tepatnya tanggal 5 Februari merupakan awal berdirinya fakultas pendidikan psikologi.
Fakultas pendidikan psikologi secara resmi menaungi satu-satunya program studi yakni psikologi, keputusan ini berdasarkan Permenristekdikti Nomor 44 tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kelola Universitas Negeri Jakarta. Meski terbilang muda, program studi psikologi Fakultas Pendidikan Psikologi sudah meraih akreditasi A berdasarkan SK BAN-PT : 823/SK/BAN-PT/Akred/S/III/2018.